Desa Kepakisan merupakan desa pecahan dari desa Karangtengah. Pada mulanya Kepala Desa Karangtengah memiliki dua orang anak, putra dan putri. Putri dari kepala desa tersebut kemudian menikah dengan seorang anak laki-laki dari dukuh Kepakisan. Hingga akhirnya kepala desa Karangtengah berhenti dari jabatannya, dan putra serta menantunya ingin menggantikan kedudukannya. Akhirnya diputuskan untuk memecah desa menjadi dua, yaitu desa induk Karangtengah dipimpin oleh putra laki-lakinya, dan desa Kepakisan dipimpin oleh menantu dari kepala desa tersebut.